วัคซีนก็เปรียบเสมือนกับยา สามารถทำให้เกิดผลข้างเคียงได้ อย่างไรก็ตาม ยังไม่พบว่า การฉีดวัคซีนป้องกัน HPV ทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์ที่รุนแรง
ผลข้างเคียงที่พบบ่อยภายหลังการฉีดวัคซีนป้องกัน HPV มีดังนี้
- อาการปวด บวม แดง บริเวณที่ฉีดยา
- มีไข้ ปวดศีรษะ
- คลื่นไส้ อ่อนเพลีย
- ปวดกล้ามเนื้อ
- อาการหน้ามืด เป็นลม เป็นอาการที่พบได้บ่อยในวัยรุ่น
- เพื่อป้องกันการเป็นลม หรือได้รับบาดเจ็บจากการเป็นลม แนะนำให้ผู้ที่เข้ารับการฉีดวัคซีนป้องกัน HPV นั่งพักอยู่กับที่ เป็นเวลา 15 นาที
วัคซีนป้องกัน HPV นั้นไม่ทำให้เกิดการติดเชื้อไวรัส HPV หรือเป็นโรคมะเร็งที่เกิดจากเชื้อไวรัส HPV ได้ เพราะวัคซีนป้องกัน HPV ผลิตจากโปรตีนหนึ่งตัวจากเชื้อไวรัสที่ไม่สามารถทำให้เกิดโรค แต่จะกระตุ้นให้ร่างกายสร้างภูมิคุ้มกันแทน